Ὁ μοναχός Νεόφυτος γεννήθηκε στὰ Λεύκαρα τῆς ἐπαρχίας Λάρνακας τὸ 1134 καὶ σὲ ἡλικία 18 ἐτῶν εἰσῆλθε ὡς δόκιμος στὴ Μονή τοῦ Ἁγίου Ἱωάννου τοῦ Χρυσοστόμου τοῦ Κουτζουβένδη, κειμένης στίς νότιες ὑπώρειες τοῦ Πενταδακτύλου, πάνω ἀπὸ τὴν πρωτεύουσα Λευκωσία. Ἀσκήτευσε στό κοινόβιο τοῦ Κουτζουβένδη ἀπὸ τὸ 1152 μέχρι τὸ 1158.
Ὅπως ἐξομολογεῖται ὁ ἴδιος στήν Τυπική Διαθήκη του, ἔργο τοῦ 1214, ἀπό τήν ἀρχή τῆς μοναχικῆς του ζωῆς, μέρα καὶ νύχτα, τόσο στὶς ἀγροτικὲς ἀσχολίες ὅσο καὶ κατά τή διάρκεια τοῦ ὕπνου, τὸν παρενοχλοῦσε ὁ ἔρωτας γιὰ τὴν ἡσυχαστική ζωή. Προσκυνητής στά Ἱεροσόλυμα γύρω στὸ τέλος τοῦ 1158, μετὰ ἀπὸ ἑξάμηνη περιοδεία στὰ μοναστήρια καὶ ἀσκητήρια τῆς Παλαιστίνης, μὴ βρίσκοντας ἐρημίτη νά μαθητεύσει στὸν τρόπο ζωῆς τῶν ἀναχωρητῶν μοναχῶν, ἔλαβε ἐπιβεβαίωση, σὲ ὅραμα θεϊκό, πώς ἡ ἀγάπη τῆς ἡσυχίας ἦταν καὶ θέλημα τῆς Ἄνωθεν Προνοίας, καὶ ὅτι ἀλλοῦ θὰ εὐδοκιμοῦσε, ἐκεῖ ὅπου καὶ ὁ Θεός θὰ κατέβαινε νὰ σφραγίσει ψωμί!
Ἐνισχυμένος ἀπὸ τὸ ὄραμα, γύρισε στήν Κύπρο καί ἀναζήτησε χῶρο ἥσυχο γιὰ νὰ ἀσκητεύσει. Τελικὸς χῶρος κατάπαυσής του ἦταν τὸ σπήλαιο κοντὰ στὴν πηγὴ καὶ τὸ χείμαρρο, ἑννέα χιλιόμετρα βορειοδυτικὰ τῆς Πάφου. Ἀπὸ τὸν Ἰούνιο τοῦ 1159 ἐγκαταστάθηκε ἐκεῖ καί διαμόρφωσε τήν Ἐγκλείστρα του, ὅπως τοῦ ἄρεσε. Πρῶτα ἔκτισε ὅλο τὸ στόμιο τοῦ σπηλαίου ποὺ ἔβλεπε ἀνατολικά ἀφήνοντας εἴσοδο μόνο ἀπὸ τὰ νότια, χώρισε τὸ σπήλαιο μὲ ἕνα ἐσωτερικό τοῖχο, διαμόρφωσε τὸ κελλίον του στὸ βάθος ὅπως τὸ βλέπουμε καὶ σήμερα ἀκόμη καὶ πρὸς τὴν εἴσοδο τοῦ σπηλαίου ἔστησε ἁγία τράπεζα ἀπὸ μαρμάρινη πλάκα.
Ἕνδεκα χρόνια ἔζησε μόνος, ὅπως ποθοῦσε. Ἡ ἐπιμονὴ ὅμως τοῦ ἐπιχώριου ἐπισκόπου Πάφου νὰ γίνει ἱερεύς καὶ νὰ δεχθεῖ ἕνα μαθητή, ὁδήγησε ἀπὸ τὸ 1170 σὲ σταδιακή μετεξέλιξη τοῦ ἡσυχαστικοῦ ἀσκητηρίου σὲ σκήτη ὀλιγάριθμων μοναχῶν καὶ τελικὰ σέ κοινοβιακή μονή ἐμπνεόμενη ἀπὸ τὸ ἡσυχαστικὸ ἰδεῶδες. Ἔγραψε ἕναν πρῶτο Κανονισμό Λειτουργίας τῆς μονῆς γύρω στό 1187.
Γιά περισσότερο ἀπὸ ἑξήντα χρόνια, μελετοῦσε ἀκατάπαυστα τά βιβλία πού δανειζόνταν ἀπὸ τὶς γειτονικές ἐπισκοπές Πάφου καὶ Ἀρσινόης (σημερινή Πόλις-Χρυσοχούς). Ἀσχολήθηκε μὲ τὴν συγγραφὴ πνευματικῶν ἔργων, ἀλλὰ μὴ ἔχοντας λάβει ἐγκύκλια μόρφωση, παρά μόνο τὰ πρῶτα γράμματα στὸ κοινόβιο τοῦ Κουτζουβένδη, στήν προσπάθειά του νὰ συντάξει κείμενα στήν ὑψηλή ἐκκλησιαστική γλῶσσα τῆς ἐποχῆς, κατέστῃ ταυτόχρονα καὶ ὁ πρῶτος καταγραφέας τῆς δημώδους ἑλληνικῆς, τοῦ κυπριακοῦ ἱδιώματος. Ἀνέπτυξε μιὰ ἔντονη συγγραφική δραστηριότητα, πού τὸν ἀνέδειξε στὸν μεγαλύτερο συγγραφέα τοῦ μεσαιωνικοῦ ἑλληνισμοῦ τῆς Κύπρου. Μεγάλο μέρος, ἑννέα ἀπὸ τὰ δεκαέξι βιβλία πού συνέγραψε, ἔχει ἀνακαλυφθεῖ σὲ βιβλιοθῆκες τοῦ ἐξωτερικοῦ καὶ ἀποτέλεσε τὴ συλλογὴ μὲ τίτλο Συγγράμματα Ἁγίου Νεοφύτου τοῦ Ἐγκλείστου πού ἐκδόθηκαν πρόσφατα μὲ φροντίδα τῆς μονῆς πού ἵδρυσε.
Ὁ Ἅγιος Νεόφυτος ὁ Ἔγκλειστος μιμήθηκε τὰ λαυρεωτικά καὶ κοινοβιακά φροντιστήρια φιλοσοφίας πού ἵδρυε ὅπου πήγαινε ὁ Ἅγιος Σάββας στὰ Ἱεροσόλυμα. Θεμελίωσε στὸ ἀσκητήριο τῆς Πάφου μιὰ κουλτούρα ἀγωγῆς μελέτης, μιὰ διαδικασία συστηματικῆς πνευματικῆς παιδείας, πού ἀπέκλειε τὴ μεγάλη συγκέντρωση μοναχῶν (=πολυάν-θρωπο μεγαλοκοινοβιακό σύστημα), γιὰ νὰ γίνεται μιὰ καλύτερη παρακολούθηση τῆς προόδου των. Ὁ Ἔγκλειστος Γέρων τῆς Πάφου, τό 1197 ἔσκαψε στὸ βράχο, πάνω ἀπὸ τὸ ναὸ τοῦ Τιμίου Σταυροῦ, τὴν Ἀνωτέρα Ἐγκλείστρα ἤ Νέα Σιών, ὅπως τὴν ὀνόμασε καὶ ἀπὸ ἐκεῖ ἐπέβλεψε τὴν ὁλοκλήρωση τῶν κτισμάτων καὶ τῶν τοιχογραφιῶν τῆς μονῆς, ἔγραψε τὰ περισσότερα βιβλία του καὶ ἐπανεῦρε τὴν ἀγαπημένη του ἡσυχία. Τὸ 1214 συντάσσει τὴν ἀναθεωρημένη καὶ τελευταῖα Τυπική Διάταξη/Διαθήκη, ἐνῷ δὲν μαρτυρεῖται καμμία πλέον δραστηριότητά του μετὰ τὸ 1220.
Μετὰ τὸ θάνατο τοῦ Ἁγίου Νεοφύτου τοῦ Ἐγκλείστου, ἡ Μονή τῆς Ἁγίας Ἐγκλείστρας συνέχισε τὴ ζωὴ της μέσα ἀπὸ ἕνα συμβατικὸ τρόπο μοναστηριακῆς ζωῆς μὲ κύριο γνώρισμα τὶς ἀγροτικὲς ἀσχολίες. Πότε οἱ μοναχοὶ ἐγκατέλειψαν τὸν κοινοβιακὸ τρόπο ζωῆς δὲν εἶναι δυνατὸν νὰ γνωρίζουμε.